這是一個歷史記載的真實故事：4000年前，一個叫有莘不破的少年，獨自遊蕩在如今已是繁華都市的大荒原上，他本是商王朝的王孫，王位的繼承人，此時卻是一個逃出王宮的叛逆少年。在他的身後，中國最古老的兩個王朝正在交替，夏王朝和商王朝之間，爆發了一場有史以來最偉大的戰爭。
《山海經密碼2》將帶您重返那個遠古戰場，和那些古老的英雄（他們如今已是神話人物）一起，遊歷《山海經》中的蠻荒世界，您將遇到后羿的子孫、祝融的後代、看到女媧補天缺掉的那塊巨石、您將經過怪獸橫行的雷澤（今天的江蘇太湖）、戰火紛飛的巴國（今天的重慶），直至遭遇中華文明矇昧時代最原始、最神秘的信仰。
《山海經密碼2》依據中國最古老的經典《山海經》寫成，再現了上古時代的地理及人文風俗。我們今天能看到這些，全拜秦始皇所賜：《山海經》——秦始皇焚書時，唯一看了捨不得燒的書。